La Universidad ha sido atropellada por movimientos políticos e ideoloógicos.
Al inciarse el movimiento insurgente, gobernaba la Colonia el Virrey Javier Venegas, quien buscó su apoyo en la Universidad para evitar así un choque entre españoles ultramarinos y españoles americanos.
Con este movimiento terminó la primera parte de la vida de la Real y Pontificia Universidad.
Javier Venegas
En el libro Síntesis Histórica de la Universidad de México: "durante los 222 primeros años de su existencia, se graduaron en ella 29, 882 bachilleres y de 1562 a 1820, se graduaron como licenciados 277 y como doctores en Teología, Cánones, Leyes, Medicina o Artes 1403. Y de la Universidad salieron unos 84 obispos o arzobispos.
Don Rafael Heliodoro Valle escribe: "La trágica aventura de la Universidad en el siglo XIX fue originada por la lucha de partidos que llena de agitación a la vida mexicana, desde la aurora del 16 de septiembre de 1810, hasta el crepúsculo del imperio de Maximiliano en 1867. Mientras el partido progresista hizo cuestión de principios la clausura de la Universidad, el moderado y conservador se empeñaba en reabrirla, en modificar su estructura, en ponerla al día con relación a otros planteles de la misma categoría que sufrían parecidas peripecias en el mundo occidental.
La verdad de las cosas es que la Universidad perdía solamente el nombre, unas cuantas cátedras se suprimían, desaparecían los doctores y se quedaba sin rector; pero seguía subsistiendo en sus escuelas de Derecho, de Medicina, de Ingeniería, incorporadas a ella, y en los colegios máximos de San Pedro y San Pablo, San Gregorio y San Juan de Letrán, que suplían una segunda enseñanza completamente desorganizada en el siglo XIX. La Universidad, por la existencia de estos planteles, ha tenido una vida sin solución de continuidad desde el siglo XVI hasta nuestros días. Los decretos de clausura únicamente la desmembraron, la descabezaron, sustiyendo el gobierno de su rector por un burócrata de tercera categoría".
Justo Sierra (un hombre inteligente y culto) promovió vigorosamente la reforma integral de la educación y trabajó sin descanso para que se creara un ministerio dedicado exclusivamente a la enseñanza. "A tal efecto un proyecto de ley fue puesto en manos del Congreso de la Unión; éste lo aprobó y con el consenso del Presidente Díaz se convirtió en un nuevo ordenamiento el 16 de mayo de 1905.
Justo Sierra
Don Porfirio Díaz
En Síntesis Histórica de la Universidad de México dice que: "Teniendo pues en sus manos don Justo Sierra una responsabilidad mayor, se dio a la tarea de aumentar las escuelas elementales, de llevas adelante la federalización de la enseñanza elemental y de la elaboración de una nueva Ley de Educación Primaria. En los años finales del régimen porfirista, la obra de Sierra se vio coronada con dos acontecimientos de capital importancia para su época y para el povenir inmediato: un Congreso Nacional de Educación Primaria en 1910 y la modelación de la Universidad Nacional de México, también puesta en marcha el mismo año".
LA NUEVA PONTIFICIA UNIVERSIDAD MEXICANA
LA NUEVA PONTIFICIA UNIVERSIDAD MEXICANA
"No fue la obra de don Justo Sierra la única que en el nivel universitario se presentó en la Época Porfirista. Varios años antes se estableció en la capital de la nación otra más desvinculada del gobierno, reducida a un ámbito mucho más específico, que fue de la Nueva Pontifica Universidad Mexicana, erigida con la aprobación del Papa León XII, ante quien hizo particular representación del Arzobispo de México, Dr. Próspero María Alarcón y Sánchez de la Barquera.
"El año de 1895, el 14 de diciembre, dio el Papa la bula de establecimiento y el 30 de abril de 1896 se efectuó la ceremonia inaugural en la Catedral de México. De acuerdo con los documentos de creación, la Nueva Pontificia Universidad Mexicana tendría aptitud para conferir grados académicos en las Facultades de Teología y Derecho Canónico. Como era de esperarse, la disectriz del pensamiento que presidió la iniciación y el desarrollo del nuevo centgro escolar fue el escolasticismo, acomododado a los tiempos nuevos, como una especia de retorno a los principios que a su manera habían conformado a la antigua Real y Pontificia Universidad. Su existencia estuvo completamente alejada de las disposiciones del Derecho Postivo Mexicano, sin vinculación con nada del mundo oficial, e incluso en contraste con lo que poco después en 1910 habría de aparecer con la aprobación del gobierno porfirista. La acción y la presencia de esta Universidad no tuvo alcances grandes, ni por permitirlo así sus propias determinaciones que se reducían a lo teológico y canónico, ni por tener cabida allí las inquietudes que iban a alentar en la futura Universidad Oficial, varios años más tarde . Su influjo fue mínimo, su duración corta hasta acabar con extinguirse en medio de la terrible crisis que sobrevino en el país al fin del régimen porfirista".
Himno Universidad Nacional Autónoma de México
